Filho da dona-de-casa Noêmia Villa-Lobos e do funcionário da Biblioteca Nacional e músico amador Raul Villa-Lobos, Heitor Villa-Lobos nasceu em 5 de março de 1887, no bairro das Laranjeiras, no Rio de Janeiro.
A partir dos seis anos de idade, aprendeu, com o pai, a tocar clarinete e violoncelo. Raul Villa-Lobos ainda lhe obrigava a exigentes exercícios de percepção musical que incluíam o reconhecimento de gênero, estilo, caráter e origem de músicas, de notas musicais e ruídos.